En la segunda mitad del siglo XVII, dos jóvenes jesuítas se enfrentan a la violencia y la persecución cuando viajan a Japón buscando a un misionero que según se rumorea, ha perdido la fe. La historia gira alrededor de la misión inherente a la creencia de todo religioso y de las dificultades que rodean este deber, que puede llegar a afectar a un hombre de Dios hasta el punto de renunciar a su fe. La película está basada en el libro homónimo de Shûsaku Endô.