A partir dos testemuños de sobreviventes e fillos de desaparecidos, Estados clandestinos narra a historia dun grupo de militantes uruguaios que, no ano 1976, foron secuestrados en Arxentina por comandos da coordinación represiva rioplatense e trasladados ilegalmente a Uruguai. Trátase dun episodio que constitúe un exemplo paradigmático do funcionamento da coordinación represiva do Plan Cóndor, coa especial circunstancia de que é un dos contados casos en que existe un grupo numeroso de sobreviventes que poden explicar os feitos de primeira man.