A partir de los testimonios de supervivientes e hijos de desaparecidos, Estados clandestinos narra la historia de un grupo de militantes uruguayos que, en el año 1976, fueron secuestrados en Argentina por comandos de la coordinación represiva rioplatense y trasladados ilegalmente a Uruguay. Se trata de un episodio que constituye un ejemplo paradigmático del funcionamiento de la coordinación represiva del Plan Cóndor, con la especial circunstancia de que es uno de los contados casos en que existe un grupo numeroso de supervivientes que pueden explicar los hechos de buena tinta.